負責機關日常運轉，承擔安全、保密、信訪維穩、政務公開等工作。
貫徹執行國家藥物政策和國家基本藥物制度，組織實施藥物政策和基本藥物使用管理，開展藥品使用監測、臨床綜合評價、短缺藥品監測預警。提出藥品價格政策和基本藥物目錄內藥品生產鼓勵扶持政策的建議。
承擔公共衛生、醫療衛生等監督工作，查處醫療服務市場違法行為。組織開展學校衛生、公共場所衛生、飲用水衛生、傳染病防治監督檢查。完善綜合監督體系，指導規范執法行為。組織開展食品安全風險評估職責。
組織實施全市重大傳染病防治規劃、免疫規劃、嚴重危害人民健康的公共衛生問題的干預措 施，完善疾病預防控制體系，承擔傳染病疫情信息發布工作。組織實施傳染病疫情應對工作、突發公共衛生應急和救援工作，組織編制傳染病防治專項預案，承擔預案演練的組織實施和指導監督工作。指導公共衛生應急體系和能力建設。發布突發公共衛生事件應急處置信息。組織實施職業衛生、放射衛生相關政策、標準。開展重點職業病監測、專項調查、職業健康風險評估和職業人群健康管理工作。協調開展職業病防治工作。
承擔市深化醫藥衛生體制改革工作，研究提出全市深化醫藥衛生體制改革政策、措施的建議，承擔組織推進公立醫院綜合改革工作。
組織開展衛生健康宣傳、健康教育、健康促進活動，承擔衛生健康科學普及、新聞和信息發布工作。
承擔市深化醫藥衛生體制改革工作，研究提出全市深化醫藥衛生體制改革政策、措施的建議，承擔組織推進公立醫院綜合改革工作。
擬訂衛生健康科技發展規劃，組織實施衛生科技相關政策。承擔實驗室生物安全監督工作。組織開展住院醫師、專科醫師培訓等畢業后醫學教育和醫學繼續教育工作，協同指導醫學院校教育。依法開展生物安全監督檢查職責。
貫徹執行中醫、民族醫法律、法規和政策。擬訂全市中醫藥民族醫藥發展和人才培養規劃，組織指導中醫藥民族醫藥保護、挖掘、整理、開發和利用。指導中醫藥民族醫藥臨床應用推廣。推進全市中醫藥民族醫藥產業化建設。負責中醫藥事業建設項目管理。負責中醫醫療、預防、保健、康復及臨床用藥等監督管理。監督和協調醫療研究機構的中西醫結合工作。
組織實施婦幼衛生健康政策規劃、技術標準和規范，推進婦幼健康服務體系建設，指導管理全市婦幼衛生、出生缺陷防治、嬰幼兒早期發展、人類輔助生殖技術管理和生育技術服務工作。負責母嬰保健監督管理職責。
承擔人口監測預警工作并提出人口與家庭發展相關政策建議，完善生育政策并組織實施，建立和完善計劃生育特殊家庭扶助制度。統籌推進嬰幼兒照護服務發展，協調相關部門做好對嬰幼兒照護服務機構的監督管理職責。
組織實施基層衛生健康政策、規劃、標準和規范，指導全市基層衛生健康服務體系建設和全市鄉村醫生的相關管理工作，組織實施國家基本公共衛生服務項目。
組織實施醫療機構及醫務人員、醫療技術應用、醫療質量和安全、醫療服務、醫療監督、采供血機構管理以及行風建設等行業管理政策規范、標準，承擔推進心理健康和精神衛生、護理、康復事業發展工作。擬訂公立醫院運行監管、績效評價和考核制度等。擬訂醫養結合政策措施，承擔老年疾病防治、老年人醫療照護、老年人心理健康與關懷服務等老年健康工作。指導系統所屬醫療衛生機構做好醫療廢物、放射性物品的安全處置管理。依法對醫療衛生等機構生產、儲存、使用危險化學品，以及處置廢棄危險化學品進行安全監督管理。承擔醫療衛生應急體系建設，組織實施各類突發公共事件的醫療救治和緊急醫學救援工作。組織實施重大疾病、慢性病防控管理政策規范。組織、協調、督辦重大醫療違法案件的處理。負責人體器官捐獻和移植的監督管理。
貫徹執行國家衛生健康法規、地方性法規，承擔規范性文件的合法性審查和公平競爭審查，承擔行政復議和行政應訴。負責本部門所有行政審批事項的統一受理、登記、申報資料初審及辦結事項的繳費、制證（文）、蓋章、發證（文）等服務工作，并派員進駐市政務服務中心辦公。牽頭協調需送其它科室審核，或需經現場勘查、專家論證、集體研究的行政審批事項，督促相關科室在承諾期限內完成相關審核工作。負責本部門進駐市政務服務中心的行政審批服務事項及人員的動態管理。負責本部門行政審批專用章的保管和使用。負責研究衛生健康發展戰略并就重大問題開展政策調研職責。
承擔機關和預算管理單位預決算、財務、資產管理和內部審計工作。
擬訂全市衛生健康人才發展規劃，承擔機關和直屬單位的人事管理、機構編制和隊伍建設等工作，負責衛生健康專業技術人員資格管理,組織指導衛生和健康管理干部崗位培訓工作。組織指導全市衛生健康工作領域的對外交流與合作、對外宣傳、援外工作，組織開展國(境)外培訓和智力、資金引進工作，開展與港澳臺地區的交流與合作，承擔機關和直屬單位外事管理工作。負責機關離退休人員管理服務工作，指導直屬單位離退休人員管理服務工作。
負責機關和直屬單位的黨群工作，負責管理的社會組織行業黨建工作。
組織開展愛國衛生運動，負責開展群眾性衛生監督和城鄉環境衛生評價，開展病媒生物防制工作。負責衛生城市創建和管理。
