1954年，據憲法規定，在相當于鄉的少數民族聚居地方設置民族鄉。至1956年，全區經省政府批準設立傳素、大高坪、三鍬、大堡子、平茶、廣坪、羅子山等民族鄉。1958年人民公社化，民族鄉被公社取代。1982年憲法規定恢復民族鄉，經保障散居少數民族的平等權利。當年經湖南省民政廳批準恢復和新建辰溪縣羅子山瑤族鄉、靖縣三鍬苗族鄉、大堡子苗族鄉、新廠、平察兩個苗族侗族鄉和藕團苗族鄉、芷江縣大洪山侗族鄉。1984年又建立靖縣江東、鋪口、寨牙、橫江橋等4個侗族苗族鄉，坳上苗族侗族鄉，芷江縣梨溪口侗族鄉、板山苗族侗族鄉，新晃侗族自治縣米貝、步頭降兩個苗族鄉，通道侗族自治縣鍋沖苗族鄉，恢復大高坪苗族鄉、傳素瑤族鄉。1986年9月和1987年2月，國務院先后批準建立芷江侗族自治縣和靖州苗族侗族自治縣。這兩縣的13個民族鄉自行消失。全區只剩6個民族鄉。1989年1月31日，經省政府批準，建立9個民族鄉：黔陽縣深渡苗族鄉、龍船塘瑤族鄉，沅陵縣清水坪苗族鄉、棋坪苗族鄉、火場土家族鄉，辰溪蘇木溪瑤族鄉、后塘瑤族鄉、上蒲溪瑤族鄉，懷化市蒿吉坪瑤族鄉。1993年8月、1996年7月，又先后建立芷江侗族自治縣公坪土家族鄉、辰溪縣仙人灣瑤族鄉。1998年9月建立會同縣炮團侗族苗族鄉、蒲穩侗族苗族鄉、漠濱侗族苗族鄉、金子巖侗族苗族鄉、青朗侗族苗族鄉、寶田侗族苗族鄉6個民族鄉。2001年芷江侗族自治縣公坪土家族鄉撤鄉并鎮，2005年10月沅陵縣清水坪苗族鄉、棋坪苗族鄉合并為二酉苗族鄉。全市共有21個民族鄉，總面積1603.412平方公里，少數民族人口147138人，占民族鄉總人口的72.63%。